De Skoda Favorit wordt in 1994 vervangen door een modernere Felicia en tegen 1996 rlt al de 1.000.000e Skoda van de band sinds de samenwerking met VW. In september van dat jaar wordt de Octavia gelanceerd, een model dat ook nu nog de ruggegraat van het gamma vormt. In 2001 wordt de Volkwagengroep 100 procent eigenaar van Skoda Auto en tegen 2003 bouwt men de 4.000.000 Skoda (sinds 1991), en het gamma is inmiddels aangedikt met een Fabia en een Superb. In 2006 begeeft Skoda zich op de Chinese makt en wordt de Roomster gelanceerd, gevolgd door Greenline-versies in 2008 en de Yeti in 2009. In dat jaar komt de teller op zeven miljoen stuks te staan.

Op het afgelopen salon van Genève tooonde Skoda een nieuw merklogo, samen met de VisionD, een wagen die laat zien in welke richting Skoda wil gaan in de toekomst. Op basis van deze VisionD volgt tegen 2013 een compacte middenklasser tussen de Fabia en de Octavia.